هیچ کدام. مشکل نه از Notepad است و نه از متن فارسی.
این مسئله به Encoding فایل مربوط است .
برای حل این مشکل شما می توانید در هنگام ذخیره کردن از بخش Encoding که در کنار دکمه Save قرار دارد، گزینه UTF-8 را انتخاب کنید.
برای آشنایی بیشتر با Encoding میتوانید
Wikipedia و
W3C را مطالعه نمایید.